In 1878 vestigde Tjomme van Holkema, eerder eigenaar van Boekhandel Scheltema en Holkema, zich als uitgever in Amsterdam. Na zijn overlijden in 1891 nam zijn weduwe C.S. Kremer samen met Simon Warendorf het bedrijf over en werd de naam Van Holkema en Warendorf aangenomen.

In 1965 fuseerde Van Holkema & Warendorf met Van Dishoeck, maar al snel na de fusie bleek meer kapitaal nodig te zijn. Een samengaan met Uitgeverij Unieboek bood perspectief en sinds 1970 maakt Van Holkema & Warendorf daar deel van uit.

Tegenwoordig is Van Holkema & Warendorf als imprint onderdeel van uitgeverij Unieboek | Het Spectrum.

Van Holkema & Warendorf publiceert vooral kinder- en jeugdboeken, populaire romans en thrillers.